يستخدم لعلاج عدة أنواع من السرطان. يتم تناول هذا الدواء لوحده أو مع أدوية أخرى مضادة للسرطان، حيث يتم اٍستخدامه في الأساس لعلاج سرطان الأمعاء والمستقيم، سرطان الثدي، سرطان المعدة وسرطان البنكرياس. أما مرهم الفلورويوراسيل فيستخدم لعلاج سرطان الجلد، وللحالات الجلدية التي يمكنها أن تتطور لسرطان.